A algum tempo atrás, quando ainda existia a cobrança de CPMF (Contribuição Provisória sobre Movimentação ou Transmissão), realmente havia a necessidade de diferenciarmos os tipos de conta.
A conta de investimento servia justamente para colocarmos o dinheiro para nossas aplicações, e neste caso não se pagava o imposto pelas transações, o que ocorria na conta de depósito.
Com o término da cobrança da CPMF a conta de investimento perdeu a utilidade. De qualquer forma, acredito que as corretoras mantem esta opção acreditando que a qualquer dia o imposto possa voltar, e para evitar a manutenção de seus sistemas.
É importante que você mantenha seu dinheiro somente em uma conta (de depósito preferencialmente) pois do contrário pagará duas taxas de custódia.